Třeboňsko je jednou z mála chráněných krajinných oblastí vyhlášených v rovinaté krajině po staletí kultivované člověkem. Lidé zde již od 12. století cíleně měnili původní nehostinnou močálovitou krajinu v důmyslnou síť umělých stok s množstvím rybníků. Téměř 35 procent rozlohy Třeboňska tvoří lesní porosty a 10 procent vodní plochy.
Nejvíce rybníků (a největších) je v okolí Třeboně. K velkým dílům Štěpánka Netolického patří kromě rybníků především 45 km dlouhá Zlatá stoka. Zásluhou Jakuba Krčína vznikla celá řada jihočeských rybníků od prvního Počátku přes Svět až po největší Rožmberk. Obdiv si nesporně zaslouží také 13,5 km dlouhý kanál, pojmenovaný Nová řeka. Spojuje Lužnici s Nežárkou.
Třeboňsko je známou rybniční oblastí v jižních Čechách, jejíž cenné přírodní a krajinné prostředí, zformované v důsledku důmyslných vodohospodářských zásahů člověka, je umocněno množstvím a mimořádnou kvalitou stavebních památek. Prosperita hospodářského centra území – města Třeboně začala po roce 1366, kdy jej získal šlechtický rod Rožmberků, který se systematicky věnoval chovu ryb. Celkový charakter rybniční třeboňské krajiny podél řeky Lužnice mezi městy Třeboň a Veselí nad Lužnicí určila systematická činnost rybníkářů Štěpánka Netolického a Jakuba Krčína z Jelčan v 16. století. Základními opěrnými body soustavy rybníků se za doby jejich činnosti staly Zlatá stoka, která rozvádí vodu z řeky Lužnice, dále Nová řeka, umělý kanál propojující řeky Lužnice a Nežárku a rybníky Svět a Rožmberk, který je největším v Čechách.